| 1．井芹川 |
| 井芹川（いせりがわ）は、熊本県熊本市を流れ坪井川に合流する。熊本市北区植木町から上流を鐙田川（あぶみだがわ）と言う。鐙田川以外の区間は熊本県が管理する二級河川である。 |
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| 2．兎谷川 |
| 兎谷川（うさぎだにがわ）は、熊本県熊本市北区を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 3．加勢川 |
| 加勢川（かせがわ）は、熊本県中部を流れる緑川水系の一級河川であり、加勢川と木山川が合流した地点から国土交通省の管轄とされている。 |
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| 4．河内川 (熊本県) |
| 河内川（かわちがわ）は、熊本県熊本市西区河内町を流れる河内川水系の二級河川であり、熊本県が管理している。 |
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| 5．木山川 |
| 木山川（きやまがわ）は、熊本県中北部を流れる緑川水系の一級河川であり、熊本県が管理している。 |
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| 6．麹川 |
| 麹川（こうじがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 7．木葉川 |
| 木葉川（このはがわ）は、熊本県北部を流れる菊池川水系の一級河川である。 |
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| 8．千間江湖川 |
| 千間江湖川（せんげんえごがわ）は、熊本県熊本市を流れる熊本県管轄の二級河川である。 |
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| 9．平川 (熊本県) |
| 平川（たいらがわ）は、坪井川水系に属し井芹川の支流であり、熊本県熊本市西区を流れる普通河川である。 |
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| 10．谷尾崎川 |
| 谷尾崎川（たにおざきがわ）は、坪井川水系で井芹川の支流であり、熊本県熊本市が管理する準用河川に指定されている。 |
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| 11．坪井川 (熊本県) |
| 坪井川（つぼいがわ）は、熊本県熊本市を流れる熊本県管轄の二級河川である。 |
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| 12．天明新川 |
| 天明新川（てんめいしんかわ）は、熊本県熊本市を流れる国土交通省管轄の一級河川である。 |
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| 13．西浦川 |
| 西浦川（にしうらがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 14．西谷川 (熊本県) |
| 西谷川（にしたにがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 15．松尾川 (熊本県) |
| 松尾川（まつおがわ）は、坪井川水系であり、熊本県熊本市西区を流れる普通河川である。 |
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| 16．万石川 |
| 万石川（まんごくがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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| 17．除川 |
| 除川（よけがわ）は、熊本県熊本市を流れる熊本県管轄の二級河川である。 |
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| 18．立福寺川 |
| 立福寺川（りゅうふくじがわ）は、熊本県中部を流れる坪井川水系の二級河川である。 |
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